福建物質(zhì)結(jié)構(gòu)研究所由盧嘉錫院士創(chuàng)建于1960年。其前身是中國(guó)科學(xué)院福建分院籌建的技術(shù)物理所、化學(xué)所、電子所、數(shù)學(xué)力學(xué)所、自動(dòng)化所、稀有金屬所等六個(gè)研究所和生物物理研究室。
1961年調(diào)整合并為理化研究所。
1962年改名為華東物質(zhì)結(jié)構(gòu)研究所,隸屬于中國(guó)科學(xué)院華東分院。
1973年定名為中國(guó)科學(xué)院福建物質(zhì)結(jié)構(gòu)研究所。